A fiscalização do  IGCP, E.P.E. cabe a um Fiscal Único (artigo 20º dos estatutos do IGCP, E.P.E.), que deve ser um Revisor Oficial de Contas ou uma Sociedade de Revisores Oficiais de Contas, nomeado pelo membro  do  Governo responsável pela área das Finanças, com um mandato de 3 anos, renovável por períodos iguais.

Entre outros compete-lhe:

• Acompanhar a regularidade e controlar a gestão financeira do IGCP, E. P. E.;
• Apreciar e emitir parecer sobre o orçamento, o relatório e a conta anuais do IGCP, E. P. E.;
• Apreciar e emitir parecer sobre o relatório de gestão do Fundo de Regularização da Dívida Pública;
• Fiscalizar a boa execução da contabilidade do IGCP, E. P. E., e o cumprimento de todas as disposições aplicáveis em matéria orçamental, contabilística e de tesouraria e informar o Conselho de Administração de quaisquer anomalias porventura verificadas.
  

Para o mandato 2018-2020 foi nomeado  para Fiscal único, JM Ribeiro da Cunha & Associados, SROC, Ld.ª , representado pelo revisor oficial de contas Dr. José Maria Rego Ribeiro  da Cunha